他堅信雪月3日對自己的暗殺與現在的保羅之死全是英國人策劃組織的。至此,俄法同盟宣告破產,他不無沮喪地說:“我配合沙皇一定能給英國在印度的霸權以沉重的打擊。這次宮廷政變推翻了我的一切計劃。”

拿破崙不得不立即大幅度地調整所有外交部署。在這個問題上,他也像調動炮兵部隊一樣,能夠巧妙地迅速地隨機應變。

同奧地利的和平談判在馬倫哥戰役之後就開始了。當時,由於奧地利派往義大利的軍隊被擊潰,它同俄國的關係已經破裂,而且害怕法俄聯盟將使它更加孤立,同意了這次談判。

1800年10月間,在巴黎開始了以拿破崙和塔列蘭為一方,以科本茨為另一方的法奧談判。談判進行得相當艱鉅。不久,拿破崙退出談判,讓他的哥哥約瑟夫在洛林省的呂內維耳同科本茨繼續談判。科本茨狡黠頑固,約瑟夫堅定而圓滑,雙方都力圖使出巧妙的外交手腕戰勝對方。這時,英國給奧國提供了200萬英鎊的津貼,在英國的壓力和誘惑下,奧國又有了重起戰端的念頭。拿破崙對奧國在英國影響下出爾反爾極為憤怒,他多次強調和平的願望是有節制的。然而,雙方還在爭吵不休,看來不透過戰爭是無法取得談判的結果。11月5日,拿破崙宣佈取消法奧兩國的停戰狀態,命令法軍在德意志和義大利兩個戰場同時轉入進攻。於是,戰火又起。

12月2日,莫羅將軍率領的萊茵軍團在德國南部大敗查理大公率領的奧地利軍隊,取得了霍恩林登大捷,這次勝利開啟了通往維也納的道路。與此同時,麥克唐納率領一支新軍團在義大利出征,於嚴冬季節成功地穿過了施普魯根山口,順利地前進到阿迪傑河上游地區。這一出色行動再次切斷了曼圖亞要塞與奧地利之間的聯絡。奧地利的種種希望因軍事失敗而破滅,現在別無他法,只得在爭取最好條件下締結和約。可拿破崙這時卻指示約瑟夫不要急於簽訂和約,他要奧地利答應滿足他的一切要求。1801年2月9日,雙方終於在呂內維耳簽訂了和約。根據和約,德意志神聖羅馬帝國完全被排擠出萊茵河左岸,這塊領土全部歸屬法國;法國還獲得奧地利所屬的尼德蘭(比利時)和盧森堡;奧地利承認法國庇護下的黑爾維謝(瑞士)、巴達維亞(荷蘭)、利古里亞(熱那亞)、內阿爾卑斯(倫巴第)等共和國;法國繼續佔有皮埃蒙特;奧地利繼續佔有伊斯特里亞、達爾馬提亞、威尼斯和阿迪傑左岸地區,而把阿迪傑右岸地區讓給內阿爾卑斯共和國。

奧地利由於戰場上的失敗,不得不接受拿破崙所給予的相當苛刻的和約條款。但是,正像它不甘心於1797年的坎波福米奧和約一樣,它對呂內維耳和約也是不甘心的,它終究要等待時機來改變這種形勢,並再一次出來同拿破崙較量。

拿破崙在戰場上和談判桌上所取得的勝利使得反法聯盟分崩離析,現在只剩下孤零零的英國了。英國既然已經失去作戰夥伴,不能繼續執行用英鎊和艦隊唆使他人火中取栗的政策,那隻能放棄手段,接受和談。1801年10月1日,英法兩國代表在倫敦簽訂了預備和約的條款。不久以後,在法國東北部的亞眠召開了和平會議。1802年3月27日,法國全權代表約瑟夫以及西班牙、巴達維亞全權代表同英國全權代表康華里勳爵簽訂了亞眠和約。和約規定:英國除特立尼達以及錫蘭島上荷蘭屬地外,必須將法國大革命以來所佔領的一切殖民地歸還給法國以及附庸國(荷蘭、西班牙);馬耳他島應歸還給馬耳他騎士團,並保證馬耳他的獨立與中立;英國必須退出它在地中海和亞得利亞海佔領的所有港口和島