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得素的珍稀礦產。派克·塞弗裡奇主管rda殖民地的採礦作業。rda殖民地有著自己的私人保安部隊“sec－ops”。潘多拉星的大氣對人類有毒，迫使人類必須使用呼吸面具。

潘多拉星球上的居民納威人是具有智力的類人種族，有著10尺長的尾巴和藍色的面板；他們與自然和諧共處，崇拜大地之母愛娃（eywa）。為了改善和納威人的關係，並對潘多拉星的生物圈加以研究，科學家們培養了納美－人類混血的“阿凡達”，他們可以透過心靈連線而受基因匹配的人類控制。前海軍陸戰隊隊員傑克·薩利裡的雙胞胎兄弟是一名科學家，曾接受過作為阿凡達控制者的訓練，但卻在一次商業迫害的搶劫中被殺害。於是，下身截癱的薩利裡就接替了其雙胞胎弟弟的工作。阿凡達計劃的領導者格**·奧古斯汀博士認為薩利裡並不能勝任他弟弟的工作，因此為他安排了一名保鏢。當處於阿凡達形態的格**、人類學家諾姆·斯貝爾曼和傑克正在薩姆林中收集生物樣本並記錄資料時，一隻閃雷獸（r）襲擊了他們，導致傑克與隊伍走散。女納威人妮特麗（救出了迷失在薩姆林裡的傑克，並把他帶回了她的部族——奧馬地卡雅族（omaticaya）——的居住地家園樹（）。妮特麗的母親是部族的精神領袖，她對這名“夢行的戰士”（warriordreamwalker）很感興趣，並指示她的女兒要將納威人的生活方式傳授給傑克。

－ops的領導者邁爾斯·誇裡奇上校向傑克許諾說，如果傑克能提供可迫使納威人與其合作的情報，他的截癱就能得到恢復性的治療。隨著傑克開始向誇裡奇提供情報，格**也越來越對其感到懷疑，最後她決定將自己、傑克和諾姆三人，轉移到具備阿凡達連線單元的偏遠基地去。在三個月裡，傑克與妮特麗和奧馬地卡雅族人愈加親近，並最終拒絕了誇裡奇和rda的要求。當奧馬地卡雅族接受傑克成為其中一員後，他和妮特麗互相選擇對方作為自己的伴侶。當一臺推土機剷平了聲音樹（s）後，傑克破壞了它：這顯示出他效忠物件的改變。誇裡奇給塞爾弗裡奇播放了傑克的影像日記，傑克在影像中說到，奧馬地卡雅族絕對不會放棄家園樹。於是，塞爾弗裡奇下令摧毀家園樹。

儘管格**竭力主張說，摧毀家園樹會影響潘多拉星球有機體賴以連線的神經網路，但塞爾弗裡奇只給了傑克和格**一小時去勸納威人離開家園樹。傑克向奧馬地卡雅族人披露了他的最初任務，妮特麗認為傑克出賣了他們。傑克和格**的阿凡達因而被俘。誇裡奇的軍隊摧毀了家園樹，殺死了包括妮特麗的父親eytu酋長在內的許多奧馬地卡雅族人。在基地，傑克、格**和諾姆因背叛rda公司而受囚禁。對誇裡奇的戰爭手段感到厭惡的保安部隊飛行員楚迪·查肯將他們劫出，把他們帶到前哨站，並協助其轉移。但在逃離過程中，格**被誇裡奇擊中，嚴重負傷。

為了重獲奧馬地卡雅族人的信任，傑克制服了一隻霸王飛龍（ryx）：歷史上只有五名納威人馴服過這種強大的空中捕食者。傑克在神聖的靈魂之樹（fsouls）下找到了奧馬地卡雅族人，並求得mo‘at幫助治癒格**。在靈魂之樹的幫助下，族人們試圖將格**從其奄奄一息的人類軀體中轉移到她毫無意識的阿凡達身上，但因其傷勢過重，格**未能堅持完轉換。mo‘at隨後宣佈說：“她現在和愛娃在一起了。”

在妮特麗和奧馬地卡雅族新領袖蘇泰的協助下，傑克從眾多納美部族裡集結了數以千計的戰士，希望藉此擊退人類。透過和靈魂之樹的神經連線，傑克向愛娃祈求，希望她能在即將到來的戰鬥中幫助納威人。誇裡奇提到了納威人正在集結軍隊，說服塞爾弗裡奇批准對靈魂之樹展開先發制人的打擊。他希望透過毀滅納威人的宗教和文化中心來迫使他們歸順