這時候阿里布哥率斡亦喇部眾至和林,詳稱願意歸順,發動突然襲擊,佔領了和林,併發兵南下。忽必烈急召張柔嚴忠嗣部漢軍,並令董文柄率射手千人,塔察爾率軍士萬人出征。諸王合丹為右軍,塔察爾與史天澤等為左軍,諸王合必赤為中軍,合力進攻。兩軍相遇於昔木腦兒,塔察爾與合必赤分兵奮戰,大破斡亦喇軍,北兵潰遁。忽必烈居開平,下令禁止漢地對漠北的物資供應。哈喇和林的飲食,通常是用大車從漢地運來,忽必烈封鎖運輸後,那裡便開始了大饑荒,物價飛漲。於是阿里布哥派使臣赴察哈臺汗國徵集糧食器械。但使臣被阿魯忽扣留。

於是阿里布哥率斡亦喇部隊進攻阿魯忽。阿魯忽戰敗,退往撒馬爾罕。阿里布哥軍進駐阿力麻裡(今新疆伊犁霍城),大肆焚掠。恰逢阿力麻裡饑荒,人民奮起反抗阿里布哥統治。阿里布哥部下多逃至阿爾泰地區玉龍答失。共商歸降忽必烈。這時候察哈臺汗阿魯忽整軍來攻。阿里布哥處於東西夾擊中,眾叛親離,只能向忽必烈投降。

阿里布哥勢衰後,忽必烈開始採取措施,打算直接控制中亞。這時,"忽必烈合罕命一支大軍前往阿姆河岸,使一切居於這一地區的打算獨立的宗王統統從交通線上撤走,這樣合罕的使臣可以沒有任何一點困難地往返於旭列大王"(《瓦薩夫史》第一卷,哈默·普格斯塔爾德譯本,轉引《元朝史》下冊)。

在忽必烈與阿里布哥激戰的時候,高加索正發生著另一場戰爭。下面我們來說統治波斯的旭烈兀系。和別的支系不同,旭烈兀把自己看做忽必烈統治該地的副手。這時候,旭烈兀要應付來自阿姆河和高加索兩方面的威脅。在阿姆河對岸,阿里布哥任命的察哈臺汗阿魯忽正在集結軍隊。在高加索山脈以北,朮赤系的別兒哥也是阿里布哥的支持者。戰爭首先在高加索展開。旭烈兀大軍越過作為雙方邊界的高加索山隘口打耳班關,進入俄羅斯草原。一直進攻到捷列克河。別爾哥派出大將那海那顏迎擊。旭烈兀失敗,被迫退回高加索以南。後來,那海那顏又穿過高加索山隘口打耳班關進入旭烈兀系的封地,穿過庫拉河,這時候旭烈兀已經去逝,他的繼承人阿八哈打敗了別兒哥的軍隊。

旭烈兀系和朮赤系的衝突還有另外的原因,就是別兒哥是穆斯林的同情者,而旭烈兀則贊成基督教。當旭烈兀攻佔巴格達後,別兒哥公開指責旭烈兀濫殺和平居民,並責備旭烈兀未經和宗王商議就擅自處死了哈里發。隨著雙方發生衝突,別兒哥和埃及的突厥穆斯林接成了聯盟,其實埃及的國王本身就是欽察突厥人,正因為如此也拉近了雙方的關係。旭烈兀則與基督教聯絡密切。旭烈兀的繼承者阿八哈甚至娶了東羅馬帝國的一位公主為妻。伊爾汗國和英國 法國及羅馬教皇,都有頻繁的往來。

前面說到阿里布哥幫助阿魯忽登上察哈臺汗國國主的位置,但阿魯忽背叛了阿里布哥,還扣留了阿里布哥汗的使者,於是阿里布哥汗率領斡亦喇部眾打敗阿魯忽,並劫掠了富庶的阿里麻裡(伊犁的霍城),阿魯忽被迫逃往撒馬爾罕。阿里不哥在富饒美麗的伊犁河流域的行為是如此野蠻,他蹂躪農村、屠殺他的政敵的所有黨徒,以至於發生了饑荒,他自己的一些將領也率軍離開了他。阿里不哥看到他的軍隊陸續瓦解,便設法與阿魯忽和談。他使兀魯忽乃皇后站在他一邊。兀魯忽乃是為抗議她在察會合汗國的統治權被剝奪而來的,於是,阿里不哥委託她和麻速忽·牙刺窪赤帶著和平協議到撒麻耳幹阿魯忽處。然而,在撒麻耳幹情況發生了戲劇性的轉變。兀魯忽乃一到,阿魯忽就與她結婚,並任命麻速忽為他的理財大臣。麻速忽的支援產生