年1月19日,司馬德文被逐出建康赴潯陽。3月24日,劉裕舉兵攻桓玄,桓玄軍隊大敗。桓玄挾安帝逃往江陵。6月19日(五月壬午),桓玄被殺,司馬德文復辟為皇帝。但好景不長,6月26日桓玄的將軍桓振又攻陷江陵,安帝被俘。406年3月2日(正月戍戎)安帝才再脫叛軍之手。桓玄的叛變終於摧毀了東晉的皇權,劉裕成為東晉舉足輕重的人物,為南朝宋的建立奠定了基礎。

從412年開始,劉裕在朝中獨掌大權,排擠和迫害與他不和的大臣,矯安帝詔以令外地刺史。413年,高句麗和日本(倭國)使節到建康。415年,荊州刺史司馬休之和雍州刺史魯宗之以逃犯劉裕為名舉兵,但被劉裕戰敗。417年,劉裕再次北伐,攻入長安。

418年劉裕被封為相國、宋公,同年,晉軍不得不退出長安。419年1月28日(義熙十四年十二月戊寅),安帝薨於東堂,葬在休平陵。關於司馬德文帝的死因,歷史上傳說不同。《晉書》沒有記載死因,似乎是自然死,《南史·列傳第十四》中稱劉裕命司馬德文左右將他毒死,也有說被縊死的。

409年劉裕開始北伐,攻南燕,屢戰屢勝,到410年俘虜南燕皇帝慕容超,滅南燕,佔領山東等地,但同時廣州刺史盧循又反,乘劉裕北伐之機向建康進發。到410年夏建康再次戒嚴。劉裕班師南下後才解決了建康的危機。411年,盧循在交州被刺史杜慧度殺。

玄桓之亂

桓玄在權力之爭中得勢後,被晉安帝任命為都督中外諸軍事、丞相、錄尚書事,又兼揚州牧,領荊、江、徐三州刺史,獨攬軍政大權。

桓玄野心**,並不滿足於已經得到的權力。元興二年(公元403年)九月十六日,他與其心腹現已升任散騎常侍的卞範之、侍中殷仲文密謀策劃,逼迫晉安帝下詔,任命桓玄為相國,封楚王,領地十郡,加九錫。

桓玄稱帝,把本來已經十分混亂的東晉搞得一塌糊塗。他驕奢淫逸,遊獵無度。剛建十四年的宏大的冶城寺,被他下令拆毀,在宮城近旁修建了滿是亭臺樓閣的別苑(即今南京朝天宮),作為私人遊樂場所。他身體肥胖,乘馬不便,別出心裁地設計了有兩百人在前後左右抬著走的巨型抬轎;還設計了“徘徊輿”、“施轉關”,坐在轎內可隨意迴轉,瀏覽四方。他遊獵成嗜,每次外出,五六十里範圍內,旌旗漫野,獵騎如飛。凡隨獵將士讓獵物逃脫的,一律捆綁起來處置。所以,桓玄篡位不久,就引起廣泛的不滿。反桓玄勢力以劉裕為核心集結起來。

劉裕掌權

元興三年(公元404年)二月,也就是桓玄篡位三個月後一天清晨,劉裕一夥闖進京口,殺了桓修;同一天,劉裕弟弟劉道規、孟昶、劉毅等在廣陵下手,砍死了桓修的胞弟、青州刺史桓弘,然後南渡長江在京口和劉裕等會合,共推劉裕為盟主,進軍京師,同時向各地發出討伐桓玄的檄文。

劉裕興兵伐罪的訊息傳到京師,桓玄嚇得夜不能寐、茶飯無進。他任命揚州刺史桓謙為征討都督,率兵抗擊,卻潰不成軍。桓玄隨即丟棄建康,順長江西逃。路經尋陽,他還裹脅廢帝司馬德宗,退到江陵。回到他的起家地之後,又任命文武百官,演出了“遷都”江陵的鬧劇。

劉裕佔領建康後,把桓氏親屬全部捕殺,還宣稱受晉安帝密詔,任命武陵王司馬遵為侍中、大將軍,暫行皇帝的一切權力。之後,劉裕同桓玄在武昌(今湖北市鄂城)的崢嶸州展開決戰,桓玄大敗被殺。桓玄從403年十二月六日稱帝,到404年五月二十六日身亡,只當了一百六十一天皇帝。東晉的歷史就這樣中斷了五個多月。

皇帝司馬德宗是劉裕篡位的最大障礙。但是,他覺得要是從一個飢飽不知的白痴手裡取得皇帝寶座,畢竟有失體面,就採取了陰謀