此時,沈一貫雖裝病在家,但朝中大事件件皆知,他自有耳報神錢夢皋日日跑來密告。當他聽說皇上生氣並責罰了李三才,心中一陣暗喜,連忙給皇上寫了一封密信,信中提議逮問李三才沈鯉郭正域三人,按結黨亂國治罪。

皇上讀了沈的密信,大感驚詫,他對掌印太監陳矩說:“沈一貫果真病了!簡直是匪夷所思。朕怎能因他的一篇奏言,就隨隨便便逮捕一同官(指閣臣沈鯉)、一督臣(指李三才)、一侍郎(指郭正域)?”說完,皇上抓起筆,在沈的密信上批道:“卿既然患病,稍後聽朕的安排就是了。”顯然,皇上是有意讓七十二歲的沈一貫離職還鄉了。

李三才從掌印陳矩那裡得知了皇上的態度,又火速寫了一篇奏疏,疏中強調由於沈一貫心胸狹隘,造成首輔與次輔沈鯉不合,致使政令不暢;並首次披露了沈一貫貪贓,收取稅差程守訓賄銀三萬的罪行。與此同時,顧憲成也寫信給在京的東林官員,如吏科給事中陳良訓御史孫居相等,請他們助李三才一臂之力,並斷言“四明(沈一貫)大勢難久!”於是陳孫二人上疏參劾沈一貫“結黨”“奸貪”,沈在朝中的地位已岌岌可危了。

不久,沈一貫在內外的壓力下,終於告退回原籍浙江了。臨行前他顧慮到沈鯉留在內閣,會對浙黨官員不利,便派人收買皇上身邊的內侍,授意他們可在聖上面前,多說沈鯉的不是,使沈鯉不能安其位。……皇上本來就有些嫌沈鯉過於鯁直,不好打交道,再加上沈鯉自己又主動提出辭職,畢竟他已是七十六歲的人了,便同意了沈鯉的請求。沈一貫既已把沈鯉扯之同去,又開始擔心李三才日後飛黃騰達,會升任總憲(都察院左督御史),那時東林就會取代浙黨把持朝政,於是沈便預先叮囑了自己的姻親、御史邵輔忠,命他伺機將李三才參劾回鄉。

五月,皇上任命了于慎行、李廷機、葉向高為東閣大學士,入閣參與機務,這樣內閣中加上原先的朱賡,就有了四位閣臣。然而皇上並沒有任命首輔,他虛出此席,是在等待一個稱心如意的人選。四位閣臣中,原南京禮部右侍郎葉向高,被文武官員普遍看好。葉向高四十八歲,福建福情人,長髯飄胸,人稱“美髯公” 。葉為人光明忠厚,有德量,喜好扶植善類,為清流所依賴。他曾多次上疏反對曠稅,批評皇上一意孤行,“群言不能爭,群怨不能動。”後妖書案起,沈一貫有意謀興大獄,陷害郭正域,葉曾致信沈一貫,勸他平心和氣,化荊棘為大道,平息風波變為靜水,沈一貫不悅,致使葉向高十二年得不到升遷,長期滯留南京。

葉向高剛上任,就接到了遠在無錫的顧憲成一封信,顧指出內閣中的李廷機,乃是沈一貫的門人,處事模稜兩可,賢否難說,希望葉警惕。葉向高一向主張求同存異,以國家大局為重,經過觀察,他發現李廷機為人還算廉潔,只是偏愎不識大體,便沒有更多地把顧的話放在心上。

不久,發生了陝西咸寧知縣滿朝薦反稅使梁永一案。梁永原是宮中的御馬丞,任陝西稅監後,私自蓄養了五百匹馬,並招收亡命之徒,組建了一支衛隊。梁率領衛隊巡行各地,任意挖掘歷代陵墓,所獲珍寶十分之七據為己有,只把那剩餘的交到宮中。梁有一部下叫王大義,在咸寧縣無惡不作,民憤極大,咸寧縣令滿朝薦奉上司命令,逮捕了王大義。

梁永聽說後,立即派參隨帶兵趕赴咸寧縣衙去搶人,因滿縣令早有防備,來人沒能得逞。不久,又發生了咸寧縣秀才鄒某半路遇劫一事,實是梁永部下一名參隨所為。滿縣令疾惡如仇,親自帶上十名衙役,將案犯捉回。梁永得知後又氣又恨,便上疏皇上,誣衊滿朝薦劫走稅銀,並且私設公堂拷問稅差。皇上迅速下旨,把滿朝薦降一級使用,陝西巡撫餘懋衡上疏為滿辨冤,皇上這才恢復了滿的原職,但仍停發滿縣令的一年俸祿。