天啟三年,周起元以右僉都御史的職銜(四品),巡撫江南蘇州、松寧十府。在任期間,他體恤下情,曾為三吳百萬災民請命,上疏建議興修蘇 、杭、常(州)、鎮(江)四地水利,並提出具體辦法,即各鄉災民齊上陣,計丈定工計人,授糧計日發錢,他堅信此法必能激勵災民,提前完工。此外,他公廉愛民,凡供給的公家一線一器,他都要拿出自己的俸銀償還,自身除圖書之外,囊無餘財。凡犯人交納的贖罪錢,他都全部用作置買學田和修復書院之用,閒暇之時,他還時常到書院講課。

周起元自到蘇州後,發現蘇杭織造李實貪婪橫暴,擅自增加袍緞的徵收定額,又得知代理蘇州府事務的蘇州同知(知府的佐官)楊姜,曾多次抵制李實,李實對楊恨之入骨,並惡人先告狀,反誣楊姜克減袍緞料價及錢財,上疏要求將楊姜革職。周起元知道楊姜在百姓中有“青天”之稱,曾多次上疏替楊姜伸冤,計有《請宥非罪被誣府佐疏》《劾織造中涓李實疏》《再劾織造中涓李實疏》等。周起元在疏中用事實揭露李實,指出萬曆四年皇上派下的袍緞定額,僅五萬八千匹,當今天啟皇帝派下的定額也只是六萬三千匹,可織造李實卻謊稱皇上原派十五萬匹,“臣查遍並無十五萬之派” ,“李實貪贓違旨,徵多則取利多。”此外,周起元在疏中反覆為楊姜辨冤,斷言“楊姜無罪被誣,錢糧款項自明” ,並滿懷義憤指出楊姜雖是一個小吏,遭此隨意呵斥譴責,表面看來不足惜 ,實際上表現了賢奸混淆法紀倒置。……

魏忠賢聽李永貞讀了周的奏疏,便授意李永貞擬旨嚴責周起元,下令周火速報上楊姜的種種貪婪不法之事。周起元怒不可遏,再一次上疏替楊姜辯白,魏忠賢大怒,深恨周起元抗不從己。

不久發生了朱童蒙一案。朱原在京城任言官,後投靠了魏忠賢,他曾上疏誹謗首善書院,迫使書院主持人都御史鄒元標離職。吏部尚書張問達伸張正義,把朱童蒙外調出京,任蘇杭兵備。朱童蒙心懷不滿,到任後失志狂暴,每當巡行路上,常親自揮鞭怒打行人,多達數十人,行人往往血肉狼藉哭天喊地。周起元知道後準備糾彈他,朱便裝病不出,於是周御史把朱種種貪虐罪狀,及搜刮錢財的數目,上報朝廷。此時魏忠賢已控制了票擬聖旨的權力,便以“中旨”的形式,以“排陷正人”的罪名,將周起元罷官,另擢升朱童蒙為太常寺卿。

周起元無辜被撤職,正在蘇州家中的周順昌,深感不平,寫了《贈周公罷歸序》,進行鼓勵。文中說人臣被削官,與國家治亂每每相應,閹人操縱吏部職權,天下事可知矣 ? 他們能奪周公之官,不能奪公之名。公去而郡邑太守必有所顧慮,不敢輕易賣身投靠魏閹。……周起元巡撫蘇松二年,做了很多好事,推動海上貿易,造福沿海百姓,並親自為《東西洋考》一書作序,他離任時,吳地的老少都跟隨相送,哀哭聲直貫雲霄。

周起元雖已削官,但魏忠賢仍不罷休,當李永貞拿著李實手下孫升送上的空白印疏來請示時,魏忠賢得意的笑了,說:“那就依你之見,把周起元列為第一,劾奏他做巡撫時,貪贓十萬,依然讓許顯純打問,哈哈 !”

李永貞善於揣摩魏的心思,他逢迎說:“那繆昌期周宗建的名字必列在上面無疑 !”魏忠賢狠狠地點點頭。一會兒魏又追問說:“緹騎不早就下江南了,怎麼還沒把繆週二犯押回京 ?”李永貞忙解釋說:“聽說已起解了。”

魏李二人繼續商議還該把誰串入這“空本”中,魏忠賢猛然記起了一個人,他就是把###嫁給魏大中之孫,並指名道姓罵自己的周順昌。魏心說這姓周的竟如此狂妄,敢跟我叫板,我讓許顯純得好好地“伺候伺候他 !”想到這裡,魏對李永貞說:“周順昌算一個 !”李永貞忙用筆記下來。

魏忠賢仰臉思索了片刻,他從桌